Abstract

LAVIN, PARIS; GOMEZ, PATRICIA; GONZALE, BERNARDO  and  ULLOA, OSVALDO. Diversidad de las picocianobacterias marinas Prochlorococcus y Synechococcus por medio de polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción terminal en secuencias del espaciador transcrito interno del ARNr 16S - 23S. Rev. chil. hist. nat. [online]. 2008, vol.81, n.4, pp. 515-531. ISSN 0716-078X.  doi: 10.4067/S0716-078X2008000400006.

Con el fin de evaluar la utilización de secuencias del espaciador interno transcrito (ITS) en estudios de genética de población de cianobacterias marinas, se amplificó y clonó la secuencia del gen ARNr 16S junto a la region espadadora 16S-23S ARNr de seis cepas de Prochlorococcus y Synechococcus. Se analizaron los amplicones del ITS por electroforesis en gel de gradiente de desnaturalización (DGGE) y por polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción terminal (T-RFLP). Al aplicar los métodos estándares de estas técnicas, se obtuvo más de una banda o fragmento de restricción terminal (T-RF) por cepa o secuencia clonada. Informes en la literatura han sugerido que estas anomalías podrían ser atribuidas a la formación de estructuras secundarias. Por consiguiente, la estructura secundaria de las secuencias de ITS de las cepas de Prochlorococcus y Synechococcus fue modelada a las diferentes temperaturas que se utilizaron durante la reacción en cadena de polimerasa (PCR). Dicho modelamiento predijo la existencia de bucles que podrían persistir incluso durante la temperatura de extensión. Es probable que estos bucles generen productos de PCR con fragmentos incompletos y hebras simples. En este trabajo se modificó el procedimiento del método de T-RFLP añadiendo el partidor marcado en los últimos dos ciclos. Esto resultó, para la mayoría de los casos, la obtención de un solo fragmento de restricción por ribotipo. La aplicación de esta técnica a una muestra del medio ambiente obtenida frente al norte de Chile, demostró que es posible identificar la presencia, y determinar la abundancia relativa, de varios linajes filogenéticos de los géneros Prochlorococcus y Synechococcus que habitan la zona eufótica. El análisis filogenético de las secuencias de ITS obtenidos por clonación y secuenciación de ADN a partir de la misma muestra confirmó la presencia de los diferentes genotipos. Con la modificación propuesta, el método de T-RFLP debiera ser adecuado para el estudio de la diversidad en poblaciones naturales de cianobacterias, pudiendo transformarse en una importante herramienta para estudiar los factores que influyen en la estructura genética de estos organismos.

Keywords : cianobacteria; DGGE; T-RFLP; ITS; estructura secundaria.